Dotyczące:
- oceny zmian anatomicznych i ultrastrukturalnych wywołanych infekcją wirusową, bakteryjną, grzybową lub nicieniową,
- immunolokalizacji białek zaangażowanych w interakcje patogen - roślina oraz cząsteczek sygnałowych biorących udział w tych interakcjach,
- identyfikacji patogenów wirusowych w soku oraz komórkach roślin porażonych,
- analiz filogenetycznych sekwencji nukleotydowych i białkowych różnych organizmów,
- analiz bioinformatycznych i modelowania trójwymiarowego struktury drugo- i trzeciorzędowej białek oraz ich lokalizacji błonowej,
- szacowania na podstawie sekwencji aminokwasowej teoretycznych parametrów białek takich jak np. punkt izoelektryczny, rozpuszczalność.
1. Wykonane ekspertyzy, dotyczące podobnych działań (wykaz ekspertyz):
- analizy ultrastrukturalne zmian patogenicznych komórek i tkanek roślin porażonych różnymi patogenami
- identyfikacja patogenów na podstawie charakterystycznych struktur i sekwencji zmian w ultrastrukturze komórek
- identyfikacja patogenów wirusowych z soku roślin lub materiale roślinnym przy pomocy mikroskopu elektronowego i techniki sap-dip
- analiza filogenetyczna i bioinformatyczna szczepów bakterii patogenicznych oraz ocena ich zróżnicowania genetycznego i opracowanie czułych i specyficznych testów do ich wykrywania w roślinach uprawnych
2. Publikacje z tego zakresu:
Treder K, Zacharzewska B, Przewodowska A, Przewodowski W, Otulak K. 2016. Ion-exchange membrane chromatography as an alternative method of separation of potato Y virus. Plant Breeding and Seed Science (w druku)
Minicka J, Otulak K,Garbaczewska G, Pośpieszny H, Hasiów-Jaroszewska B. 2015. Ultrastructural insights into tomato infections caused by three different pathotypes of pepino mosaic virus and immunolocalization od viral coat protrins. Micron, 79: 84-92.
Siddique S, Radakovic ZS, De La Torre CM, Chronis D, Novák O, Ramireddy E, Holbein J, Matera C, Hütten M, Gutbrod P, Anjam MS, Rozanska E, Habash S, Elashry A, Sobczak M, Kakimoto T, Strnad M, Schmülling T, Mitchum MG, Grundler FMW. 2015. A parasitic nematode releases cytokinin that controls cell division and orchestrates feeding site formation in host plants. PNAS USA 112; 12669-12674.
Dąbrowska-Bronk J, Czarny M, Wiśniewska A, Fudali S, Baranowski Ł, Sobczak M, Święcicka M, Matuszkiewicz M, Brzyżek G, Wroblewski T, Dobosz R, Bartoszewski G, Filipecki M. 2015. Suppression of NGB and NAB/ERabp1 in tomato modifies root responses to potato cyst nematode infestation. Molecular Plant Pathology 16: 334-348.
Siddique S, Matera C, Radakovic ZS, Hasan MS, Gutbrod P, Rozanska E, Sobczak M, Torres MA, Grundler FMW. 2014. Parasitic worms stimulate host NAPDH oxidases to produce reactive oxygen species that limit plant cell death and promote infection. Science Signaling 7: ra33.
Daneshkhah R, Cabello S, Rozanska E, Sobczak M, Grundler FMW, Wieczorek K, Hofmann J. 2013. Piriformospora indicaantagonizes cyst nematode infection and development in Arabidopsis roots. Journal of Experimental Botany 64: 3763-3774.
3. Wykaz aparatury badawczej, jaką dysponuje Katedra:
- zestaw mikrotomów do wykonywania skrawków półcienkich i ultracienkich,
- binokular z cyfrową akwizycją obrazu,
- mikroskop optyczno-fluorescencyjny Olympus AX70 „Provis”z kamerą cyfrową,
- transmisyjny mikroskop elektronowy FEI 268D „Morgani” z kamerą cyfrową,
- konfokalny skanujący mikroskop laserowy Leica TCS SP5 II,
- termocyklery gradientowe,
- termocykler do PCR w czasie rzeczywistym (real-time qPCR) Biorad CFX Connect
- system dokumentacji i analizy żeli Biorad GelDoc XR+,
- oprogramowanie bioinformatyczne do:
- analiz filogenetycznych sekwencji nukleotydowych i aminokwasowych,
- modelowania struktury przestrzennej (drugo- i trzeciorzędowej) białek eukariotycznych,
- identyfikacji i charakterystyki domen transbłonowych,
- wizualizacji struktury i lokalizacji błonowej białek eukariotycznych.
4. Wykaz jednostek gospodarczych/naukowych (krajowych i zagranicznych), z którymi prowadziliśmy do tej pory podobną współpracę:
- Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin oddział w Boninie, Jadwisinie i Młochowie,
- Instytut Genetyki Roślin PAN w Poznaniu,
- Instytut Ogrodnictwa w Skierniewicach,
- Instytutu Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy w Poznaniu,
- Uniwersytet BOKU w Wiedniu/Tulln,
- Uniwersytet Reński w Bonn,
5. Wykaz projektów o podobnej tematyce
2013/09/B/NZ9/02421, NCN „Interakcje między izolatami wirusa Y ziemniaka (Potato virus Y, PVY) w infekcjach mieszanych i ich wpływ na rozmieszczenie przestrzenne i dynamikę subpopulacji wirusa w tkankach roślin gospodarzy” – dr Katarzyna Otulak – główny wykonawca